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■ 专项经费投入与管理
实验室专项建设经费由中心提出申请计划，院教学指导委员会讨论修改，由学校组织专家论证，学校审批。1999年以来，学校先后将物理实验中心确定为世行贷款“高等教育发展”项目和武汉大学实验教学示范中心重点建设单位。世行贷款“高等教育发展”项目经费折合人民币 304万元，武汉大学实验室建设专项经费 790万元，2005年教育部“综合物理实验室建设”专项经费 440万元，共计投入专项经费1534万元。
■ 日常经费投入与管理
校财务部每年按实验课人时数拨给实验教学运行经费，学院将该经费下拨实验中心，并在院财务室单独立账，独立核算。每年投入经费约20万元，经费的使用由中心主任审核。
实验教学改革项目可在教务部教改基金中立项，评审通过后给予一定经费支持。设备处设有实验教学改革项目专项经费，通过立项方式进行自制仪器设备的研制与开发。