武汉大学物理实验中心属校、院两级管理，实行中心主任负责制。中心主任全面负责中心的实验教学、建设和管理；同时设三位副主任分别负责基础物理、近代物理和综合物理三大层次的实验教学、教学改革与实验室建设；另有四位实验室主任负责所在实验室的实验教学、实验室建设和管理工作。中心主任由学校任免，各实验室主任由学院任命。
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